Официальным днем основания команды считается 2 мая 1935 года. В этот день на стадионе имени Антипова встретились команды строителей «Запорожстали» и паровозо-ремонтного завода. В конце октября 1949 года на базе заводской команды «Запорожстали» была создана команда «Металлург». Вскоре «Металлург», выиграв первенство Украины, завоевал право выступать во второй лиге СССР. В 1971 году запорожская команда поднялась в Первую союзную лигу, где лучшим результатом «Металлурга» оставалось четвертое место в дебютном сезоне.

klub[1]В 1990 году «Металлург» занял третье место, что дало запорожцам право в следующем сезоне выступать в Высшей лиге СССР. По итогам сезона 1991 года «Металлург» стал 13-м. Таким образом, запорожская команда была включена в Высшую лигу Украины.

Лучшим результатом «Металлурга» в чемпионатах Украины стало четвертое место в сезоне 2001/2002, что дало право команде в следующем сезоне выступать в Кубке УЕФА. В квалификации была пройдена мальтийская «Биркиркара», а в первом раунде «Металлург» дал бой английскому «Лидсу» (1:1 и 0:1).

Еще одним несомненным успехом запорожцев стал выход в финал Кубка Украины в сезоне 2005/2006, в котором команда Вячеслава Грозного минимально уступила киевскому «Динамо». В Кубке УЕФА в следующем сезоне «Металлург» прошел «Зимбру», но уступил по сумме двух матчей греческому «Панатинаикосу» (1:1 и 0:1).

В сезоне 2010/2011 «Металлург» занял последнее место в Премьер-лиге и вылетел в Первую, однако сходу сумел вернуться в высший дивизион украинского футбола.